| Sidenavigasjon: Hovedside / Institutter / Husdyr- og akvakulturvitenskap |
[Sidekart] [Kontakt] 
|
| Tekststørrelse. |
Genomikk mot IPN - markørassistert seleksjon for umiddelbar forbedring av IPN-status i regnbueørretoppdrett
Ane Gro Siri SkjelfjordNFR-prosjekt ledet av AquaGen. Konsortiedeltagere: Nofima og UMB/IHA.
Prosjektleder hos IHA: Sigbjørn Lien
Sammendrag fra NFRs hjemmeside:
Virussykdommen infeksiøs pankreasnekrose (IPN) er en av de største tapsfaktorene innen både lakse- og regnbueørretoppdrett. Avlsselskapet Aqua Gen AS lanserte i 2009 lakserogn spesialselektert, ved hjelp av DNA-markører, for ekstra høy resistens mot IPN. Et pågående evalueringsprosjekt viser at den spesialselekterte fisken er tilnærmet resistent mot IPN, og produktet har følgelig vakt stor oppsikt i laksenæringen både nasjonalt og internasjonalt. I dette prosjektet ønsker vi å videreføre denne satsingen til også å inkludere resistens mot IPN i regnbueørret. For å oppnå dette må vi 1) utvikle forskningsverktøy som foreløpig mangler i denne arten og 2) identifisere genene som påvirker graden av IPN-resistens i arten. Et hundre regnbueørret fra Aqua Gen vil bli sekvensert med andregenerasjons sekvenseringsteknologi fra Illumina, til en samlet sekvensmengde tilsvarende 100x dekning av genomet. Datasettet vil bli brukt til å identifisere et stort antall 'single nucleotide polymorphism'-markører (SNPer) over hele genomet. Sammenlikninger mellom dette datasettet, helgenomsekvensen til Atlantisk laks og sekvens fra brunørret vil bli brukt til å identifisere konserverte, ikke-kodende områder i genomet. SNPer i slike områder, samt SNPer i kodende områder, vil bli prioritert i produksjonen av en 'SNP-chip' med 50 000 SNPer. Denne SNP-chip'en vil bli genotypet på regnbueørret fra en IPN-smittetest, og brukt til å identifisere genene som bestemmer graden av IPN-resistens i regnbueørret. De identifiserte genene vil bli implementert i Aqua Gen sin produksjon av rogn fra regnbueørret fra 2012, på en slik måte at forbedret genetikk kan bringes direkte ut i industrien. Sluttproduktet vil være rogn fra regnbueørret, spesialselektert for ekstra høy resistens mot IPN.
Oppdatert: 19.09.11
Utskriftsvennlig versjon
Del med en venn:
Institutt for husdyr- og akvakulturvitenskap