| Sidenavigasjon: Hovedside / Institutter / Husdyr- og akvakulturvitenskap |
[Sidekart] [Kontakt] 
|
| Tekststørrelse. |
Ola Frang Wetten disputerte 11. november 2011
Ane Gro Siri SkjelfjordMolekylære studier av globingener hos Atlantisk torsk (Gadus morhua) – funksjonelle effekter av hemoglobin-polymorfier og deres geografiske utbredelse
Sammendrag fra avhandlingen - PhD thesis 2011:56
Forfatter: Ola Frang Wetten
Fenotypisk variasjon mellom hemoglobin (Hb) varianter hos Atlantisk torsk og deres fysiologiske egenskaper, har vært av stor interesse for mange forskere i flere tiår, og mange torskestammer er "genotypet" i henhold til HbI nomenklaturen som ble etablert av Knud Sick i 1961, og som stadfester at HbI-1 og HbI-2 variantene henholdsvis er assosiert med varmt og kaldt vann. Artikkel I relaterer HbI fenotypene direkte til de to haplotypene Met55Val og Lys62Ala i det polymorfe β1-globingenet. Basert på tredimensjonal (3D) modellering av hemoglobin α1β1α1β1 tetramerer foreslo vi at polymorfiene ved β1-55 og β1-62 er forbundet med henholdsvis økt O2 affinitet og redusert temperatursensitivitet. For å kunne genotype disse to loci effektivt, ble det utviklet et "High Resolution Melting" (HRM) assay (Artikkel IV). Multiple varianter, inkludert rekombinanter mellom β1-55 og β1-62, ble avdekket i trans-Atlantiske populasjoner.
Det ble identifisert en 73 bp stor indel polymorfi i den intergeniske promoteren til de hode-mot-hode (5'-5') organiserte α1-β1 genene, som er sterkt koblet til β1-55 og β1-62 polymorfiene (Artikkel III). Sammenligning av transkripsjonsaktiviteten viste at den lange promotoren, assosiert til β1-Val55-Ala62 allelet og kalde omgivelser, hadde mer enn dobbelt så høy aktivitet som den korte ved temperaturer på 15 og 20°C. Den økte aktiviteten ved høye temperaturer antas å kunne være mekanisme som utligner og kompenserer for at β1-Val55-Ala62 allelet har dårlig O2 affinitet ved høye temperaturer, ved å øke konsentrasjonen av Hb-β1 i erytrocyttene.
Studier av foreløpig genomsekvens fra Atlantisk torsk viste at genomet har to ikke-koblede globin-clustere som henholdsvis inneholder β5-α1-β1-α4 og β3-β4-α2-α3-β2 (Artikkel II). Ekspresjonsanalyser viste at flere av globinene hovedsakelig uttrykkes under embryogenesen kanskje som et bidrag til immunforsvaret, mens α1, α2, β1 og β2 genene bidro med globin peptider til hemoglobin hos voksen fisk. Clusterne er flankert av gener som er konservert i andre genomsekvenserte teleoster, og noen flankerende gener er også påvist i nålevende urochordat- og cephalochordatarter, både koblet og ikke koblet til globiner, som legger grunnlag for spekulasjoner omkring dannelsen av det opprinnelige vertebrat globin clusteret.
Oppdatert: 11.11.11
Utskriftsvennlig versjon
Del med en venn:
Institutt for husdyr- og akvakulturvitenskap