Månedens stipendiat- september 2009

Elisabeth Fjærvoll Olsen

Mitt navn er Tahir Memood, PhD-student ved IKBM, UMB. Jeg hører til Biostatistikkgruppen ved IKBM. Prosjektet mitt er studier av multivariate teknikker for sekvensanalyse. Studiet mitt er finansiert av HEC Pakistan i samarbeid med SIU Norge.

Tahir Memood Foto: Kristian Hovde Liland

Jeg har to mastergrader, en i Statistikk fra Universitetet Quaid-e-Azam i Pakistan (2005) og en i Computational Biology ved UMB (2009). Jeg er 27 år gammel og opprinnelig fra Pakistan. Masteroppgaven min her ble utført ved IKBM og ble veiledet av Lars-Gustav Snipen og Solve Sæbø. Oppgaven fokuserte på sammenligning av Markov modell-baserte metoder og partial least squares-metoder (PLS) for sekvensklassifikasjon. Dette var et simuleringsbasert studium, og vi brukte ”genprediksjon” som spesifikt eksempel på sekvensklassifisering. Resultatet vi endte opp med var at PLS-basert sekvensklassifisering kan være en mer nøyaktig genprediktor enn Markov-baserte genprediktorer.

I biostatistikkgruppen jobber vi videre med mer eller mindre samme problemstillinger som under mastergraden. Jeg begynte som PhD i januar 2009 i ”Multivariat statistikk og sekvensanalyse” med veilederne Lars-Gustav Snipen, Solve Sæbø og Jonas Warringer. Svært begrenset utnyttelse av styrken til multivariat statistikk i analysen av biologiske sekvenser er motivasjonen for prosjektet. For øyeblikket jobber vi med et av delprosjektene; ”Søk etter genotyp-fenotyp-sammenhenger i Saccharomyces ved hjelp av PLS”. Her samarbeider vi både med internasjonale miljøer og med forskere på CIGENE.

Et genotyp-fenotyp-datasett fra gjær er kjernen i dette delprosjektet. Vi bruker BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) til egenskapsuttrekking på grunnlag av ”alignment scores”. BLAST er et verktøy for å sammeligne sekvenser (f.eks. DNA eller proteiner) for å finne ut om to eller flere sekvenser inneholder like eller tilnærmet like deler. Til identifiseringen av viktige egenskaper bruker vi PLS-relaterte metoder, PLS med Jackknife-testing, ST-PLS og ”selectivity ratio”-plot. Så brukes identifiseringen av viktige egenskaper til å bestemme viktige genotypiske forskjeller.

Andre delprosjekter inkluderer ”Sammenligning av partial least squares-baserte egenskapsuttrekningsmetoder” og ”Prediksjon av gener for mikrobiell pan-genomikk”.

Jeg har holdt på her siden august 2007 og liker meg godt i gruppen. Jeg ser fram til en mengde spennende forskning framover!

Oppdatert: 24.09.09
Utskriftsvennlig versjon

Del med en venn:

Institutt for Kjemi, bioteknologi og matvitenskap

Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap, UMB
Postboks 5003
1432 Ås

Tlf.: 64 96 59 00
Faks: 64 96 59 01

E-post : ikbm@umb.no

Besøksadresse:
Bioteknologibygningen (nr. 44 på oversiktskartet)
Christian Magnus Falsens vei 1, 1432 Ås

Relasjoner til saken

Tilbake til månedens stipediater ved IKBM.

Emneord

- Biostatistikk
- Forskning
- Utdanning