Margrete Solheim er månedens stipendiat i februar 2008. Hun jobber på Laboratorium for mikrobiell genteknologi og næringsmiddel-mikrobiologi. Margrete bruker DNA-mikroarray i sitt arbeid med å undersøke genomisk diversitet hos E. faecalis.
Mitt navn er Margrete Solheim, og jeg jobber som stipendiat på Laboratorium for mikrobiell genteknologi og næringsmiddelmikrobiologi (LMGNM) her ved IKBM. Dette er mitt sjuende år her ved UMB. Jeg begynte på Cand. Scient. studiet ved gamle NLH i 2001, og avsluttet våren 2006 en mastergrad i molekylær mikrobiologi hos Ingolf F. Nes.
Mastergraden la grunnlaget Under arbeidet med mastergraden jobbet jeg med mikroarray-basert transkripsjonsprofilering av stressrespons hos Enterococcus faecalis, med fokus på galle- og detergentstress. Etter endt mastergrad var jeg så heldig å få tilbud om å fortsette ved LMGNM. Skal undersøke genomisk diversitet I februar 2007 ble jeg ansatt som stipendiat på det EU-finansierte projektet „Approaches to Control multi-resistant Enterococci: Studies on molecular ecology, horizontal gene transfer, fitness and prevention” (ACE), under veiledning av Ingolf F. Nes og Ågot Aakra. Vår del av dette prosjektet går ut på å bruke DNA mikroarray til å undersøke genomisk diversitet hos E. faecalis.
Fryktede patogener Enterokokker finnes naturlig i tarmen hos de fleste pattedyr. Etter lenge å ha blitt ansett som harmløse kommensale med lavt patogenetisk potensial, har enterokokkene siden slutten av 1970-tallet gradvis utviklet seg til fryktede opportunistiske patogener, og er i dag rangert som nummer to i verden, etter Escherichia coli, som årsak til sykehusinfeksjoner. Over 80 % av de enterokokkale infeksjonene forårsakes av arten E. faecalis, mens de resterende 20 % i hovedsak forårsakes av Enterococcus faecium.
Enterokokker er naturlig resistente mot en rekke antibiotika, og har i tillegg tilegnet seg resistens mot en rekke andre antimikrobielle midler. Denne akkumuleringen av antibiotikaresisens har vært viktig for utbredelsen av enterokokkale patogener som en økende årsak til sykehusinfeksjoner.
Hvilke genetiske faktorer definerer patogenisitet? På tross av at enterokokkene etter hvert har utviklet resistens mot de aller fleste antibiotika i bruk i dag, forårsakes under 2 % av alle E. faecalis-sykehysinfeksjoner av stammer som er resistente mot klinisk relevante antibiotika (f. eks. ampicillin og vancomycin). Mye tyder derfor på at andre genetiske faktorer er involvert i patogenisiteten til disse bakteriene.
Noe av problemene med enterokokkene er at de så langt ikke ser ut til å passe inn i de eksisterende definisjonene av patogener, ettersom ingen klare genetiske forskjeller mellom harmløse kommensale og sykdomsfremkallende stammer har blitt identifisert.
Sammenligner stammer med microarray Mikroarray-basert komparative genom hybridisering (aCGH) er et verktøy som kan brukes til å sammenligne geninnholdet i en ukjent teststamme med geninnholdet i en eller flere sekvenserte referensestammer. Ved hjelp av et oligonukleotidarray basert på genomsekvensen til E. faecalis V583 (den eneste publiserte E. faecalis-sekvensen så langt) ønsker vi å sammenligne geninnholdet hos et utvalg patogene og ikke-patogene E. faecalis-stammer, for om mulig å identifisere genetisk variasjon som kan forklare hvorfor noen stammer forårsaker sykdom, mens andre stammer ikke gjør det.
Spennende utfordringer Denne måneden er det altså ett år siden jeg startet arbeidet med min doktorgrad, og tiden har gått fort. Det kommende semesteret vil by på nye utfordringer i form av undervisning og veiledning av en egen masterstudent. Undervisningen vil bestå av både ren tavleundervisning i BIN210 og labkurs i BIO332, og er et ledd i finansieringen av et 4. år som stipendiat. Hvis alt går etter planen vil jeg derfor avslutte min doktorgrad til jul 2010. Jeg krysser fingrene!
