IMTs forskningsvirksomhet er rettet mot å øke innsikten i hvordan biologiske systemer fungerer og hvordan de vekselvirker med sine omgivelser. Vi utvikler teknologier for en bærekraftig samfunnsutvikling basert på en bred innsikt i de grunnleggende prosessene i miljøsystemer.
I stor grad er forskningen ved IMT vevd sammen med forskningen ved andre fagmiljø på UMB. IMTs forskere arbeider også nært sammen med forskere ved andre norske og utenlandske universiteter.
Det finnes et stort antall forskergrupper ved instituttet. Nedenfor er en oversikt over hovedgruppene per 2010. Disse gjenspeiler de viktigste strategiske forskningsområdene ved instituttet.